Resep DNA/RNA Shield
DNA/RNA Shield adalah reagen yang digunakan untuk menstabilkan asam nukleat (DNA dan RNA) dalam sampel biologis, mencegah degradasi enzimatik dan menjaga integritasnya hingga proses ekstraksi. Meskipun formulasi pasti bervariasi antar produsen, resep berikut memberikan gambaran umum tentang komponen dan prinsip di baliknya. Penting untuk dicatat bahwa resep ini hanya untuk tujuan edukasi dan tidak boleh digunakan sebagai pengganti produk komersial. Menggunakan DNA/RNA Shield yang diproduksi secara komersial sangat direkomendasikan untuk hasil yang andal dan terstandarisasi.
Komponen Utama dan Fungsinya:
- RNase Inhibitor: Enzim RNase dapat mendegradasi RNA dengan cepat. RNase inhibitor, seperti RNasin, mencegah aktivitas enzim ini, memastikan integritas RNA dalam sampel.
- DNase Inhibitor: Mirip dengan RNase inhibitor, DNase inhibitor melindungi DNA dari degradasi oleh enzim DNase.
- Buffering Agent: Menjaga pH sampel agar tetap stabil, kondisi yang optimal untuk stabilitas asam nukleat. Biasanya terdiri dari campuran garam fosfat atau tris.
- Chaotropic Agent: Agen ini, seperti guanidinium isothiocyanate atau guanidinium thiocyanate, mengganggu struktur sekunder asam nukleat dan menghambat aktivitas enzim. Ini melindungi DNA/RNA dari degradasi dan memudahkan proses ekstraksi selanjutnya.
- Stabilizer: Komponen ini membantu melindungi DNA/RNA dari stres lingkungan seperti suhu dan siklus pembekuan-pencairan. Contohnya bisa berupa protein atau polisakarida.
Persiapan (Contoh Resep Sederhana - Bukan untuk penggunaan praktis):
Peringatan: Resep ini bersifat ilustrasi dan tidak terjamin menghasilkan kualitas yang sama dengan produk komersial. Jangan gunakan untuk riset atau aplikasi klinis.
Komponen dan konsentrasinya perlu dioptimalkan tergantung aplikasi dan jenis sampel. Berikut contoh formulasi yang sangat sederhana (tidak direkomendasikan untuk penggunaan praktis):
- RNase inhibitor: 1 unit/µL (sesuaikan dengan instruksi produsen)
- Buffering agent (Tris-HCl pH 7.5): 10 mM
- Guanidinium isothiocyanate: 3 M
- Sarcosyl (Sodium lauroylsarcosinate): 0.5%
- EDTA: 10 mM
Prosedur Pembuatan (Contoh – Tidak direkomendasikan untuk penggunaan praktis):
- Larutkan buffering agent dan EDTA dalam air deionisasi.
- Tambahkan guanidinium isothiocyanate. Guanidinium isothiocyanate sangat korosif, gunakan dengan hati-hati dan APD yang sesuai.
- Tambahkan Sarcosyl.
- Terakhir, tambahkan RNase inhibitor.
- Aduk dengan lembut hingga semua komponen terlarut sempurna.
- Sterilisasi dengan filtrasi 0.22 µm.
- Simpan dalam wadah yang sesuai pada suhu -20°C.
Kesimpulan:
Meskipun resep sederhana diberikan sebagai contoh, penggunaan DNA/RNA Shield komersial sangat disarankan. Produk komersial telah dioptimalkan untuk kinerja dan reproduksibilitas. Resep di atas tidak mencakup semua komponen dan optimasi yang diperlukan untuk memastikan stabilitas dan integritas asam nukleat. Penggunaan yang tidak tepat dapat mengakibatkan hasil yang tidak akurat atau kehilangan sampel. Selalu ikuti instruksi produsen untuk penggunaan dan penyimpanan DNA/RNA Shield.
